הליווי של בתי הספר  נעשה באמצעות ארגוני מגזר שלישי בעלי ידע וניסיון בתחום קידום הישגים חינוכיים בקרב אוכלוסיות מוחלשות. הארגונים מלווים את בתי הספר במיזם בראיה הוליסטית ובמגוון דרכים – ליווי אישי למנהל, ליווי בפיתוח צוות המנהיגות, הובלת תהלכי פיתוח מקצועי לצוותים, הנחיית המאמנות וליווי בתחומי תוכן ספציפיים כמו הקשר עם ההורים או העשרת מענים מהחינוך הלא פורמאלי בכתלי בית הספר. על מנת לתמוך ביכולות הליווי של הארגונים, מטה מישרים מקיים פורום ארגונים ועובד עם בעלי תפקידים בארגונים על חילוץ ופיתוח ידע משותף, שיפור מהלכי השינוי בהובלתם, פיצוח אתגרים משותפים, פיתוח מחוונים וכלים להערכת האפקטיביות של הליווי ועוד.